La Escuela de los Encuentros es un espacio educativo vinculado a la bienal que amalgama la experimentación, el pensamiento y el cruce de disciplinas artísticas y que atiende a públicos infantiles y juveniles. Este proyecto se desarrolló por primera vez en 2024 y ofrece a los centros educativos la posibilidad de realizar talleres diseñados ex profeso por el equipo de coordinación y artistas para ligarlos a líneas curatoriales de los Encuentros de Pamplona, planteadas por el comisario Ramón Andrés. 

La Escuela de los Encuentros pone el foco en la escuela rural y en los centros que imparten Bachiller Artístico. Los talleres propuestos a los centros se llevan a cabo durante el curso escolar en los meses previos a la bienal, son prácticos y proponen distintos lenguajes artísticos como el cine, el arte, el sonido, la danza y las artes plásticas. 

El Palacio Condestable de Pamplona acoge una exposición en octubre durante los Encuentros de Pamplona / Iruñeko Topaketak, que muestra los procesos de trabajo realizados en los talleres. Las escuelas y el alumnado participante son invitados/as a visitar la exposición a Pamplona durante la bienal y, para ello, se financia el transporte que permite hacer esta visita desde su localidad.